No obstante el considerable desarrollo de la infraestructura de salud en Arequipa, un importante porcentaje de la población arequipeña carece de algún seguro que le permita protegerse de enfermedades o accidentes. El censo del 2007 registró que el 57% de la población carecía de algún tipo de cobertura. Según una información de prensa del 3 de diciembre del 2011, proveniente de la Unidad de Seguros de la Gerencia Regional de Salud (GERSA), este porcentaje se habría reducido al 30%, con aproximadamente 800 mil asegurados.
Entre el 2007 y el 2009, la infraestructura de salud en Arequipa creció de 547 a 580 instituciones, y consideró en conjunto el sistema regional y ESSALUD. El mayor crecimiento fue de los centros de salud de atención ambulatoria, que sumaban 148 en el 2007 y que llegaron a seri83 en el 2009. Si se tienen en cuenta las cifras de las entidades públicas y privadas de atención de la salud, al 2010 se contaba con 1,941 camas de hospitalización, equivalentes a 16 camas por cada 10,000 habitantes. Cabe anotar que esta cifra no ha variado desde el 2007.
Según información de la Gerencia Regional de Salud de Arequipa, las principales causas de mortalidad en el departamento son las infecciones respiratorias agudas (15.49%), seguidas por los tumores malignos en el aparato digestivo (7.11%) y los traumatismos causados por accidentes (5.89%). Asimismo, las principales causas de morbilidad (atenciones) fueron las infecciones respiratorias agudas (27.26%), las enfermedades a la cavidad bucal (11.38%) y las enfermedades infecciosas intestinales (6.32%).
Principales causas de hospitalización
Los cuidados de las madres gestantes constituyen los mayores casos de hospitalización. A esto le siguen las enfermedades de los sistemas digestivo y respiratorio.
Población según seguro de salud
La provincia de Arequipa cuenta con un mayor porcentaje de población asegurada (56.5%). El menor porcentaje corresponde a Islay (35.7%) y La Unión (29.8%).
Personal de salud
Las cifras corresponden de forma conjunta al personal del Ministerio de Salud y del Gobierno Regional de Arequipa. Mientras que la provincia de Arequipa cuenta con 11.49 médicos por cada 10 mil habitantes muy por encima del promedio nacional, las provincias de La Unión e Islay son las más desatendidas.